Localizada en la costa norte, entre los municipios de Vega Baja y Manatí, la Reserva de Tortuguero es una de las áreas más importantes y valiosas de Puerto Rico.  Este cuerpo de agua dulce es en realidad la única laguna natural en Puerto Rico.  Esta contiene alrededor de 708 millones de galones de agua distribuidos en dos segmentos:  la Laguna Tortuguero que incluye la Ciénaga Cabo Caribe y la Laguna Rica.

El sistema se nutre de dos fuentes principales:  el agua subterránea de los acuíferos y el agua de lluvia que al caer en la cuenca se filtra y llega a la Laguna.  Eventualmente el agua llega al mar a través de un canal que conecta la Laguna con el mar.  Este canal es particularmente importante porque permite el paso de manatíes pequeños y peces a la laguna, en donde se estima deben haber cientos de manantiales en el fondo y en los bordes.

Tortuguero se distingue por su belleza escénica, importancia ecológica y por un sistema natural, rico en fauna y flora acuática.  Existen 717 especies de plantas pertenecientes a 119 familias, de estas, 144 especies son raras y/o en peligro de extinción y 37 solo se encuentran en Tortuguero.

En el área de la Laguna se encuentran 7 especies de plantas insectivoras, dos de las cuales son únicas en el mundo.  Un total de 83 especies de aves han sido observadas en esta reserva, 30 de las cuales son migratorias y cuatro endémicas.  Se han observado 23 especies de peces, generalmente pequeños debido a que Tortuguero sirve de criadero natural, donde las hembras llegan del mar a poner sus huevos.